蔡元培的橄榄枝
1925年4月18日，林风眠和第戎美术学院雕塑系的同学爱丽丝·法当结婚。为了摆脱对罗达的思念，他和新夫人搬到了第戎城外的乡下。1926年，林风眠生命中非常重要的一个人向他发出了邀请，他就是蔡元培。没有蔡元培，不知道林风眠会不会在教育界作出那么多的贡献，带出那么多名声显赫的弟子。蔡元培非常赏识林风眠，据林文铮先生回忆，蔡元培曾对林风眠的一幅画《生之欲》赞叹道：“得乎道，进乎技矣！”其实最早林风眠能留法也是和蔡元培有一定的关系，这个留法的交流团就是蔡元培筹备的，目的就是鼓励年轻人去法国留学，担负学生的旅费并向他们提供一定的生活补助。
而此时林风眠接受了北京国立艺术专门学校校长一职，携带妻子踏上了归国的创业之路。1927年林风眠受蔡元培之邀赴杭州西子湖畔创办中国第一个艺术高等学府暨中国美术高等学府—国立艺术院（中国美术学院）任校长。蔡元培在西湖国立艺专开学典礼上这样讲到：“大学院在西湖设立艺术院，创造美，使以后的人都改其迷信的心为爱美的心，藉以真正完成人们底生活。”吴冠中、朱德群、赵无极、苏天赐、席德进都相继成为林风眠的弟子。留法、留德让林风眠拥有了开阔的视野，也受到了当时流行的表现主义、立体主义等等的影响。而多年历练后，林风眠依旧在他的《中国画新论》中称赞那些高古画风：“这个时代的画风，因取材自然界的描写，作风纯系自由的、活泼的、含有个性的、人格化的表现。初期中，如顾恺之的风格，细致高雅的意味；吴道子的吴带当风，尤可想见其当时作风之超逸。”可以说林风眠的艺术是中西融合到了骨子里的。
《侧卧裸女》 67 x 68cm 1980年 亚洲私人藏
对于教育，林风眠也有自己执着的一面，据说1927年，27岁的他开设了写生课程，并大胆地在课堂上请来了裸体模特儿。当时的北京正是东北军阀张作霖控制时期，有“枪毙部长”之称的教育总长刘哲十分顽固保守。他认为人体艺术有伤风化，坚决反对。林先生面对封建势力毫不畏惧，在报纸上坚持己见，闹得满城风雨。气急败坏的刘哲扬言林先生是“共产党”，甚至要“抓住林风眠，枪毙了”。好在当时“少帅”张学良将军认为林先生提倡人体写生仅仅是“为了教学”，并没有其他含义，这才将一场风波平息下来。
林风眠的教学风格可以说是开放式的，这和他在巴黎的老师克罗蒙有分不开的关系。克罗蒙的教学就是以自由、灵活取得声望的。他不仅有耐心，更允许他的学生自由地表达和思考。林风眠很好地继承了他的老师，从没有把任何水彩和油画的法则强加给自己的学生。
长期以来，林风眠形成了一种艺术家的性格，他缺乏活动家面对变化着的环境应有的应变力，也没有主持画坛、令群英拜服的领袖欲，他天生似乎就没有这种摇旗呐喊的激情。
在重庆，林风眠极少参与社会活动。他虽然历任艺术教育界要职，却不喜社交场上的应酬。他更擅于关照自己的内心。有作家去拜访他回来后写到：“一只白木桌子、一条旧凳子、一张板床。桌上放着油瓶、盐罐⋯⋯假如不是泥墙壁上挂着几幅水墨画，桌上安着一只笔筒，筒内插了几十只画笔，绝不会把这位主人和那位曾经是全世界最年轻的国立艺术专科学校校长的人联系起来。”他每天都埋头作画，醉心着水墨和油彩的交合与新生。据李可染、席德进等回忆，他的屋里总是放着厚厚的裁成方形的宣纸，画起来很快，有时一日能画数十幅。
